Výhody kohortových:

Je možné overiť či expozícia predchádzala dôsledku. Výhodné v prípade, že je málo poznatkov o zdravotných dôsledkoch expozície. Výhodne tiež ak expozícia je zriedkavá. Menej problematická z hľadiska etiky, keďže „expozícia“ je prirodzená.

Nevýhody kohortových:
Vyššie náklady štúdie. Môže trvať dlho, kým je možné merať dôsledky expozície. Problémy so sledovaním, stratou respondentov, udržaním spolupráce (response rate). Pôsobenie mätúcich premených (confounding).

Epidemiologické štúdie prípad/kontrola sú relatívne lacné v porovnaní s kohortovými štúdiam.

Výhody prípad / kontrola štúdií:

Umožňujú zozbierať dostatočný počet „prípadov“ najmä, ak je výskyt v populácii zriedkavý, alebo ak by bolo potrebné na „dôsledok“ dlho čakať. Tieto štúdie sú výhodné aj v prípade, ak je málo poznatkov o etiológii ochorenia, pretože umožňujú zozbierať mnoho informácii o možných rizikových faktoroch. Zaberú menej času, sú menej nákladné a efektívnejšie ako kohortove štúdie.

Nevýhody prípad / kontrola štúdií:

Sú náročné na kvalitné zostavenie kontrolnej skupiny a kvalita údajov závisí od kvality reportovania respondenta.