Bunky na základe ich organizácie môžeme rozdeliť do dvoch skupín a to na bunky prokaryotické a eukaryotické.

Jednoduchší organizačný stupeň dosiahla prokaryotická bunka, ktorej sa budeme venovať v tejto kapitole. Hovoríme, že je fylogeneticky staršia. Charakterizuje ju jednoduchšia organizácia bunkovej hmoty, vnútorný priestor nie je rozčlenený membránami, čo ma za následok rýchlejší metabolizmus.

Prokaryotická bunka tvorí vždy iba jednobunkové organizmy, a to baktérie, archeóny a sinice.