Najpravdepodobnejší vznik eukaryotickej bunky opisuje endosymbiotická teória, ktorá tvrdí, že fagocytózou pohltené fototrofné baktérie typu siníc (chloroplasty) a baktérie s dokonalejším energetickým metabolizmom (mitochondrie) neboli v bunke strávené, ale začali s ňou nažívať v symbióze, čo postupne viedlo k zmene ich štruktúry a prenosu na potomstvo deliacej sa eukaryotickej bunky. Tieto organely majú vlastnú genetickú informáciu, ktorá kóduje niekoľko štruktúrnych a funkčných proteínov.