Cytoplazmatickú membránu majú ako prokaryotické, tak aj eukaryotické bunky. Jej zloženie je tiež veľmi podobné, až zhodné.
Bunkovú stenu majú prokaryotické bunky a niektoré eukaryotické (rastlinné bunky a bunky húb). Avšak zloženie bunkových stien je výrazne odlišné. Prokatyotá majú bunkovú stenu preskupenú peptidoglykánom, rastliny celulózou a bunky húb chitínom.
Jadrová membrána je prítomná iba u eukaryotických buniek. Prokaryotické nemajú jadro ohraničené, jadro je tvorené iba kruhovou molekulou DNA.

Rozdiel v bunkových organelách a iných bunkových komponentoch

Genetickú informáciu si prokaryotická bunka nesie vo forme chromozómu ako eukaryotická, avšak jej chromozóm sa výrazne líši od chromozómov eukaryotických buniek a to tým, že postráda bielkoviny, čiže ho nepreskupujú históny. Aj prítomnosť ribozómov je zaznamenaná u obidvoch druhov buniek, avšak ich veľkosť je rozdielna. Prokaryotické bunky úplne postrádajú endoplazmatické retikulum, Golgiho aparát, mitochondrie. Fotosyntetický aparát má iba rastlinná forma eukaryotických buniek, avšak primitívnu fotosyntézu vedia vykonávať aj prokaryotické bunky. Štruktúra bičíkov je rozdielna u prokaryotov (nemajú formáciu 9 + 2) a eukaryotov.