Vnútro vakuol je vyplnené bunkovou šťavou, ktorá obsahuje zmes koloidných a nízkomolekulových látok. Nachádzajú sa tu sacharidy, alkoholy, glykozidy, triesloviny, alkaloidy, organické kyseliny, farbivá, aminokyseliny, bielkoviny, tuky, gumy, živica, kryštalitické inklúzie. V živej bunke nemá táto hmota nijakú štruktúru, preto sa javí ako prázdna (vakuon – prázdny). Bunková šťava je v podstate rôzne koncentrovaný roztok, ktorý spôsobuje čiastočné nasávanie vody bunkou. Prasknutiu rastlinnej bunky zabraňuje hrubá bunková stena. Vzniknutý tlak spôsobuje pevnosť – turgor rastlinnej bunky, aj celého rastlinného tela.

Vakuola má významnú úlohu v osmotických procesoch bunky. Dochádza v nich k ukladaniu cukrov a bielkovín. Vakuoly majú úlohu aj pri klíčení mikrospór. Vytláčacia (klíčna) vakuola vytláča cytoplazmu z peľového zrna do peľového vrecúška.

Vakuoly sa pokladajú za dynamický systém. Sú ekvivalentami lyzozómov živočíšnych buniek. Podľa niektorých autorov provakuoly možno interpretovať ako primárne lyzozómy a centrálnu vakuolu ako obrovský sekundárny lyzozóm. Vyskytujú sa v nich hydrolytické enzýmy ako aj bunkové štruktúry v rôznom stupni lýzy. Existujú tri základné spôsoby priamej účasti vakuol na lytických (autolytických) procesov buniek a ich komponentov:

Tvar a veľkosť sa mení v procese rastu, vývinu a diferenciácie buniek. V mladých bunkách sú drobné a nepravidelne rozložené štruktúry. V procese ontogenézy postupne prebieha splývanie drobných vakuol až do veľkej centrálnej vakuoly. Cytoplazma a organely sú vytláčané na okraj bunky k bunkovej stene. Tento proces sa volá vakuolizácia.

Vakuoly sa vyskytujú aj u prvokov, kde tvoria špecializované útvary, napr. pulzujúce a tráviace vakuoly. Pulzujúce vakuoly pravidelne nasávajú a vypudzujú z bunky vodu, čím regulujú osmotické pomery v bunke. Potravové vakuoly (fagozómy) sú v podstate sekundárne lyzozómy nálevníkov a prebieha v nich trávenie potravy.