Primárnou štruktúru proteínov je samotné poradie aminokyselín v polypeptidovom reťazci. Všetky vyššie štruktúry (sekundárna, terciárna a kvartérna) vyplývajú z jednotlivých sekvencií aminokyselín (AK) a od individuálnych vlastností jednotlivých AK. Primárna štruktúra nám udáva povahu a polohu vedľajších väzieb a taktiež určuje počet reťazcov v molekule.