Hladké endoplazmové retikulum
Hladké endoplazmové retikulum nemá na svojom povrchu umiestnené ribozómy (odtiaľ pochádza názov Hladké ER). Hoci jeho štruktúra je vo väčšine buniek podobná, obsah enzýmov a funkcie môžu byť rôzne. Všeobecne môžeme povedať, že je miestom produkcie steroidov, detoxikačným miestom pre mnohé organické molekuly a miestom uskladnenia vápnika v bunkách kostrového svalstva. Zúčastňuje sa na glykogenéze, glykogenolýze, metabolizme cholesterolu, lipoproteínov a detoxikácii liečiv a jedov. Je to miesto syntézy membránových lipidov, zásobných lipidov a iných lipofilných zlúčenín (steroidov). V bunkách zapojených do produkcie a sekrécie steroidných hormónov je veľmi efektívne. V priečne pruhovanom svale sa označuje ako sarkoplazmatické retikulum a má za úlohu uvoľňovať a skladovať vápnikové ióny. V rastlinných bunkách sa zúčastňuje na produkcii steroidných hormónov, lipidov a terpénov (sekretorické bunky – žliazky, tentakuly).
Drsné endoplazmové retikulum
Drsné endoplazmové retikulum má na svojom povrchu uložené početné ribozómy (odtiaľ názov Drsné ER). Tieto ribozómy syntetizujú bielkovinové produkty (proteosyntetická funkcia), ktoré sú secernované do lúmenu endoplazmového retikula, a tým sa umožní ich transport až do krvi (napr. hormónom). Na ribozómoch drsného ER sa syntetizujú biekoviny, ktoré sú určené na export. Bunka si bielkoviny pre vlastnú potrebu syntetizuje na ribozómoch uložených v cytoplazme. Na ribozómoch drsného ER sú syntetizované aj bielkoviny membrán, syntéza hydrolytických enzýmov pre lyzozómy, zásobné proteíny rastlinných buniek. Z vonkajšej strany ho obklopuje cytoplazma, v dutine drsného ER sa nachádza bielkovinový produkt. Najefektívnejšie utvorené ho majú bunky aktívne zapojené do proteosyntézy.