Matrix

Vnútorná štruktúra mitochondrií je podmienená ich funkciou a skladá sa z nasledovných štyroch komponentov:

	matrix,
	vnútorná membrána,
	vonkajšia membrána,
	medzimembránový priestor.

Vonkajšia membrána je ohraničujúca, vnútorná membrána uzatvára základnú hmotu mitochondrie – matrix. Vypĺňa celý vnútorný priestor mitochondrie a tvorí ho vysoko koncentrovaná zmes stoviek enzýmov, vrátane tých, ktoré sú potrebné na oxidáciu pyruvátu a mastných kyselín a pre citrátový cyklus, do ktorého tieto dve zlúčeniny vstupujú. Matrix taktiež obsahuje viacero (zvyčajne 5-10) identických kópií mitochondriovej genómovej DNA, špeciálne mitochondriové ribozómy, mRNA, tRNA a početné enzýmy potrebné na expresiu mitochondriových génov.