Vnútorná a vonkajšia membrána
Matrix obkolesujúca vnútorná membrána vybieha v rôznych vzdialenostiach od seba do rôznych záhybov dovnútra matrix:
  • 1.
    Kristy sú hrebeňovité výbežky, ktoré môžu dosahovať aj na protiľahlú vnútornú membránu. Priečne kristy sa nachádzajú napr. v mitochondriách buniek srdcového svalu, pozdĺžne kristy majú mitochondrie v bunkách hnedého tukového tkaniva. Mitochondrie s kristami sa vyskytujú najčastejšie.
  • 2.
    Tubuly sú slepo zakončené, rovné alebo postáčané rúrky. Vyskytujú sa v mitochondriách zapojených do syntézy steroidných hormónov (bunky kôry nadobličky, Leydigove bunky, placentárne bunky).
  • 3.
    Sakuly sú mechúriky alebo vačky, ktoré su pomocou krátkej stopky spojené s vnútornou mitochondriálnou membránou. Vyskytujú sa v mitochondriách buniek kôry nadobličky.
  • 4.
    Prizmy sú štruktúry s trojuholníkovitým prierezom. Vyskytujú sa v mitochondriách gliových buniek v centrálnej nervovej sústave (napr. v astrocytoch).
Vonkajšia membrána obsahuje veľké kanály tvoriace proteíny zvané poríny, takže je priechodná pre molekuly do veľkosti asi 5000 daltónov. Z ďalších proteínov v tejto membráne sú významné hlavne tie, ktoré sa zúčastňujú syntézy mitochondriových lipidov a tie enzýmy, ktoré menia lipidové substráty.