Okrem chromozómu sa môžu v cytoplazme prokaryotickej bunky vyskytovať malé kruhové molekuly DNA, ktoré sa nazývajú plazmidy. Sú charakteristické hlavne pre baktérie. V bunke sú prítomné v niekoľkých kópiách. Replikujú sa nezávisle od chromozómu. Informácia v nich obsiahnutá je pre bunku doplnková (neesenciálna), obsahujú napríklad gény rezistencie na antibiotiká. Konjugatívne plazmidy prechádzajú z jednej baktérie do druhej procesom konjugácie cez pilus. Šírenie rezistencie na antibiotiká takýmto spôsobom predstavuje vážny medicínsky problém.

Všetky prokaryotické bunky obsahujú ribozómy. Ich funkcia je rovnaká ako v prípade eukaryotickej bunky, ale od eukaryotických ribozómov sa odlišujú veľkosťou.

Niektoré prokaryoty majú aj bičík, resp. viac bičíkov. Tvorí ich bielkovina flagelín. Bičík je ukotvený v bunke bazálnym telieskom.
Fimbrie (pilusy) sú taktiež útvary len niektorých prokaryot. Sú to krátke vlákna na povrchu bunky. Slúžia na konjugáciu (konjugatívne pilusy) alebo priľnutie (adhéziu) k povrchu substrátu alebo hostiteľskej bunky.

V bunkách fotosyntetizujúcich baktérií a siníc sa vytvárajú invaginované (vchlípené) úseky plazmatickej membrány. Tvoria primitívny fotosyntetický aparát.