Terciárnou štruktúrou proteínov je trojrozmerné usporiadanie, ktoré je spôsobené usporiadaním polypeptidových reťazcov v priestore. Terciárna štruktúra je silne podmienená štyrmi typmi vzájomných interakcií medzi väzbami, ktoré sú medzi AK skupinami v rôznych častiach molekuly:
|
-
1.
|
Iónové väzby – medzi skupinami s kladným a skupinami so záporným nábojom
|
|
|
-
2.
|
Vodíkové väzby – medzi AK skupinami nesúcimi čiastočne kladný a čiastočne záporný náboj
|
|
|
-
3.
|
Disulfidové väzby (kovalentné väzby) – spájajú atómy síry dvoch molekúl aminokyselín cysteínu. Sulfidové mostíky môžu spájať dve časti tej istej molekuly, ale aj jeden reťazec s druhým.
|
|
|
-
4.
|
Hydrofóbne interakcie – sú spôsobené tendenciou nepolárnych AK skupín odpudzovať vodu.
|
|
Polárne a iónové skupiny navzájom elektricky pôsobia. Tieto interakcie sú z kvantitatívneho hľadiska najfrekventovanejšie. Keď sa proteín vyskytne vo vodnom prostredí, potom sa polárne – hydrofilné skupiny AK formujú na jednej strane a nepolárne – hydrofóbne skupiny na strane druhej.