Programovaná smrť bunky je odpoveďou na signály buď z jej vnútorného prostredia alebo na tie signály, ktoré k nej vysielajú ostatné bunky. Dá sa povedať, že niektoré bunky sa obetujú samé, efektívne podľahnú „dobrovoľnej smrti“, kým iné sú odsúdené k smrti inými bunkami. Dobrovoľnú smrť volia bunky najmä pri poškodení DNA alebo pri nevhodných signáloch pre ich proliferáciu, napr. keď nastanú zlomy v DNA pôsobením ionizujúceho žiarenia alebo v dôsledku chemoterapie. Druhý prípad je aktuálny pri vírusovej infekcii alebo onkogenéze. Takže apoptóza môže zohrávať významnú úlohu aj pri obrane proti nádorom.

Bunky môžu byť odsúdené k apoptóze ostatnými bunkami v podstate tromi spôsobmi:

Programovaná smrť bunky apoptózou prebieha vo dvoch fázach: latentnej a exekutívnej (výkonnej). Apoptóza začína signálom, ktorý môže byť vnútrobunkový alebo na vonkajší popud. Tento predapoptický signál indukuje v bunke „rozhodnutie spáchať samovraždu“.

Spočiatku, po rozhodnutí podľahnúť programovanej smrti sa nachádzajú bunky v latentnej fáze apoptózy. Napriek tomu, že sa už aktivujú gény, ktorých produkty vedú k takejto smrti v krátkej budúcnosti, bunky v tejto fáze pôsobia navonok zdravo a životaschopne ako susedné bunky, ktoré vo fáze latencie nie sú. Trvanie latentnej fázy je veľmi variabilné od niekoľkých hodín po niekoľko dní. Ak sa raz bunka dostane do latentnej fázy apoptózy, je to proces nezvratný – ireverzibilný. Po latentnej fáze skôr či neskôr bunky dospejú do exekutívnej fázy, v ktorej prebiehajú vlastné procesy apoptózy.