Eukaryotická bunka je na rozdiel od prokaryotickej bunky nielen väčšia ale svojím usporiadaním vnútorného prostredia je oveľa komplikovanejšia, teda je na vyššej vývojovej platforme.

Všetky jej zložky sa diferencovali v priebehu dlhého fylogenetického vývoja, vyznačujú sa vysokým stupňom morfologickej diferenciácie a funkčnej špecializácie. Eukaryotická bunka je typická svojou zreteľnou vnútrobunkovou kompartmentáciou, ktorú zabezpečujú biologické membrány.