Charakter bielkovín závisí predovšetkým od druhu, počtu a sekvencie (poradia) aminokyselín, ktoré utvárajú peptidový reťazec. Poradie jednotlivých aminokyselín je v molekulách bielkovín určené genetickou informáciou lokalizovanou na DNA. Toto poradie aminokyselín v peptidovom reťazci bielkovín podmieňuje ich vlastnosti.

Molekuly aminokyselín sú nazývané aj amfióny, čo znamená, že molekula aminokyseliny obsahuje kyslú aj zásaditú časť svojej molekuly súčasne. Väčšinou sa vyskytujú ako ióny, ktoré môžu byť nabité na zásaditej strane kladne alebo záporne na kyslej strane. Toto vysvetľuje skutočnosť, že sa aminokyseliny a proteíny pohybujú v elektrickom poli, a tiež že ich možno separovať v elektroforéze.