Bunka sa počas fylogenézy z hľadiska bunkovej organizácie vyvíjala dvoma odlišnými smermi.

Jednoduchší organizačný stupeň dosiahla prokaryotická bunka.

Zložitejšiu štruktúru dosiahla vo fylogenéze eukaryotická bunka. Najpravdepodobnejší vznik eukaryotickej bunky opisuje endosymbiotická teória, ktorá tvrdí, že fagocytózou pohltené fototrofné baktérie typu siníc (chloroplasty) a baktérie s dokonalejším energetickým metabolizmom (mitochondrie) neboli v bunke strávené, ale začali s ňou nažívať v symbióze, čo postupne viedlo k zmene ich štruktúry a prenosu na potomstvo deliacej sa eukaryotickej bunky. Tieto organely majú vlastnú genetickú informáciu, ktorá kóduje niekoľko štruktúrnych a funkčných proteínov. Zatiaľ sa nepodarilo dokázať, že by bičíky obsahovali vlastnú DNA.