Je zložený z plochej sústavy membránových cisterien (z grec. Kisté-košík), z ktorých uzavreté priestory slúžia ako rezervoáre tekutín. Golgiho aparát (GA) slúži na vytváranie a sekréciu glykoproteínov. Druhou najvýznamnejšou funkciou Golgiho komplexu je formovanie lyzozómov. Okrem zhromažďovania a koncentrácie bielkovinového sekrétu je ďalšou z funkcií GA obalenie a vytvorenie sekrečných granúl. Aktívne sa zúčastňuje na tvorbe a diferenciácii lyzozómového kompartmentu bunky a reparácii bunkových povrchov. V GA rastliných buniek dochádza k sekundárnej syntéze polysacharidov a základnej matrix bunkových stien (hemicelulózy, pektíny).

Ak sa proteíny syntetizujú na ribozómoch prichytených na drsnom endoplazmovom retikule, niektoré bielkoviny sa zabaľujú do malých mechúrikov nazývaných transférovými vezikulami (prenosnými mechúrikmi). Tieto mechúriky pučia a nasledne sa zlievajú (fúzujú) so štruktúrou Golgiho aparátu blízko jadra. Vnútri Golgiho aparátu sa proteíny môžu koncentrovať, modifikovať, či kompletizovať, alebo sa proteíny môžu “baliť” do väčších sekrečných vezikúl, ktoré sú uvoľňované z cisterien komplexu na strane blízkej plazmovej membrány. Akonáhle niektoré z vezikúl dosiahnu plazmovú membránu, fúzujú s ňou a obsah vezikuly sa vyleje vo forme sekretorických proteínov do mimobunkového priestoru procesom exocytózy. Iné vezikuly obsahujú membránové proteíny, alebo iné bielkoviny potrebné vo vnútri bunky.