Lyzozómy sa často mýlia s mikrotelieskami – peroxizómami. Tieto sa vyskytujú v dvoch formách, avšak v živočíšnych bunkách sa vyskytuje len jedna z foriem. Peroxizómy sú podobne ako lyzozómy membránové organely, obsahujúce enzýmy, ktoré využívajú kyslík na realizáciu svojich metabolických aktivít, teda majú oxidačnú funkciu.

Peroxizómy dostali svoje pomenovanie podľa toho, že produkujú peroxidu vodíka počas oxidácie rozličných látok a potom ho vedia rozložiť enzýmami, ktoré obsahujú. Deštrukcia peroxidov má pre bunku vitálny význam, pretože sú silne toxické produkty mnohých metabolických procesov, najmä oxidácie mastných kyselín. Peroxizómy nachádzame vo väčších množstvách v bunkách pečene a obličiek, kde zabezpečujú detoxikáciu od mnohých látok, napr. alkoholu.

Peroxizómy sa zúčastňujú oxidatívnej deaminizácie aminokyselín, čo je reakcia zásadného významu pre premenu bielkovín na iné druhy zlúčenín.