Funkciou bunkovej steny je vonkajšia opora baktérií a ochrana pred prostredím, resp. (u patogénov) pred imunitným systémom hostiteľa. Dôležitú úlohu hrá aj ochrana pred osmotickou lýziou.

Rozlišujeme dva základné typy usporiadania bakteriálnej bunkovej steny:

Bunková stena grampozitívnych baktérií sa skladá zväčša z peptidoglykanov. Je zafarbiteľná kryštalickou violeťou – z Gramovho farbenia teda vychádza zafarbená modrofialovo. Táto identifikácia nám pomáha pri nasadení napr. antibiotickej liečby. Veľa antibiotík je svojim účinkom zameraných na narušenie štruktúry bunkovej steny (napr. penicilín).

Bunková stena gramnegatívnych baktérií je považovaná za odolnejšiu, pokiaľ ide o vzdorovanie antibiotikám a imunitnému systému. Je podstatne tenšia, peptidoglykanová vrstva je zredukovaná a prevahu majú liposacharidy. Zvrchu je prekrytá druhou membránou. Je zafarbiteľná kryštalickou violeťou, ale alkohol ju z nej vymýva, preto z Gramovho farbenia vychádza ružová, dodatočne zafarbená safraninovým roztokom.