Vakuoly sa vyskytujú prevažne v rastlinných bunkách, čím ich odlišujú od živočíšnych buniek. Vyskytujú sa však aj v živočíšnych bunkách v systéme, ktorý je podobný vakuolárnemu systému rastlinných buniek. U starších buniek môžu tvoriť až 80-90 % ich objemu.

Vakuoly sú diskrétne, svetlejšie oblasti cytoplazmy obklopené semipermeabilnou membránou, v rastlinných bunkách nazývanou tonoplastom. Nie sú organelami v pravom zmysle slova. Vnútro vakuol je vyplnené vodou a v nej rozpusteným materiálom. Vakuoly teda fungujú ako rezervoáre vody a soli, ktoré by inak, neoddelené membránou, mohli nepriaznivo interferovať s metabolickými procesmi v cytoplazme. Mnohé jednobunkové organizmy majú kontraktilné vakuoly, slúžiace na exkréciu látok. Vo viacerých bunkách sa môžu okolo fagocytovaného materiálu formovať vakuoly obsahujúce tráviace enzýmy.

V bunkách s regulovanou sekréciou sa prekurzory sekrétov utvorené na drsnom endoplazmatickom retikule uskladňujú v tzv. kondenzačných vakuolách. Odtiaľ sa presúvajú do Golgiho aparátu.

Ďalším typom vakuol sú tzv. fagocytické vakuoly. Vznikajú pri procese fagocytózy, kedy konce výbežkov cytoplazmatickej membrány obopnú pohlcovaný materiál (baktéria, poškodené bunky a pod.), ich konce sa spoja a vznikne vakuola, ktorá splýva s lyzozómom.

Takmer v každej z rastlinných buniek nachádzame organely nazvané plastidy, jemné, membránou ohraničené vaky, ktoré slúžia hlavne na uskladnenie škrobu alebo obsahujú pigmenty.