Lyzozómy zohrávajú úlohu aj pri rozvoji takej autoimunitnej choroby ako je reumatoidná artritída. Takisto sú dôležité pre deštrukciu určitých štruktúr, ktoré už stratili svoju úlohu v ontogenéze a u niektorých druhov v morfogenéze (u žiab). Tieto nežiadúce alebo nepotrebné štruktúry sú likvidované spôsobom obklopenia a uzavretia do jednoduchej membrány derivovanej z hladkého endoplazmového retikula. Táto štruktúra potom fúzuje s lyzozómom a vytvorí sa autofágová vakuola. V tejto sa nepotrebný materiál natrávením rozpadne. Takéto reakcie sú súčasťou normálnej obnovy cytoplazmových organel, pri ktorých sa likvidujú staré organely a sú nahradené novými.

Spermie obsahujú špeciálny lyzozóm akrozóm. Tento uvoľňuje svoje enzýmy, tesne pred fertilizáciou, aby natrávením štruktúr obklopujúcich vajíčko (zóna pellucida) uvoľnili cestu spermii k vniknutiu do vajíčka.

Autolýza alebo vlastné natrávenie je tiež výsledkom lyzozómovej aktivity, kedy sa uvoľní obsah do lyzozómu do vnútra bunky. Preto sa lyzozómy označujú pejoratívne ako samovražedné vaky.

Autolýza je v mnohých prípadoch fyziologicky proces a prebieha napr. v maternici po pôrode, v nepracujúcich svaloch, ale aj pri nie baktériami spôsobenom rozpade nechladeného mäsa. Autolýza môže byť aj dôsledkom určitej lyzozómovej choroby.