Objavil ho taliansky biológ Camillo Golgi v roku 1898, keď bunky impregnoval striebrom. Po svojom objaviteľovi dostal aj pomenovanie. Často sa uvádza aj ako Golgiho komplex, pretože je tvorený sústavou membrán spojených morfologicky aj funkčne s endoplazmatickým retikulom. Zvyčajne sa lokalizuje blízko jadra. Nachádza sa vo všetkých eukaryotických bunkách okrem erytrocytov. Golgiho aparát je najviac zvýraznený a najviac početný v bunkách prejavujúcich sekrečnú aktivitu, ako napr. v bunkách pankreasu, ktoré produkujú tráviace enzýmy a v nervových bunkách, ktoré sekretujú transmiterové produkty.