Najdôležitejšie v zakotvené teórii sú kódovacie procesy. Podľa Straussa (a Corbinovej) rozoznávame tri fázy kódovania:

Kódovanie všeobecne predstavuje operácie, pomocou ktorých sú (textové) údaje rozobrané, konceptualizované a opätovne zložené novým spôsobom. Každej sekvencií textu (každej jednotke) pridelíme nejaký kód (o čom sekvencia vypovedá, aký jav reprezentuje). Kódovanie vychádza z pôvodnej Glaserovej a Straussovej predstavy kde sa používa tzv. model "indikátor – koncept".

Indikátor je nejaký dátový fragment – úryvok z rozhovoru, záznam o správaní aktérov a pod., je to niečo reálne existujúce, „obsiahnuté“ v dátach, indikuje výskyt nejakého všeobecnejšieho javu.

Konceptami sú už nejaké kódy alebo názvy priradené k jednotlivým indikátorom alebo ich skupinám, nie sú prítomné v dátach samotných, sú do nich vnášané výskumníkom.

Priradenie indikátoru k určitému konceptu je teda aktom interpretácie a získané koncepty sú ďalej kategorizované.