Flexibilita
Prípadové štúdie sú pomerne flexibilné metódy vedeckého výskumu. Pretože výskumník sám tvorí návrh výskumného projektu, poskytuje výskumníkovi pomerne veľkú voľnosť pri odhaľovaní a riešení problémov, s ktorými sa stretne počas svojho výskumu. Prípadová štúdia výskumníkovi umožňuje, aby výskum začal voľnejšie a širšie koncipovanými otázkami a tieto postupne zužoval a spresňoval podľa zamerania výskumu.

Dôraz na kontext
Prípadová štúdia sa orientuje na porozumenie jednému prípadu, alebo malej skupine prípadov, čo umožňuje aby sa výskumník zameriaval na komplexné a hlboké porozumenie skúmanému javu. Výskum prípadu vždy vychádza z určitého teoretického kontextu, ktorý výskumník dôsledne sleduje počas celého výskumu. Dôrazom na teoretický kontext a komparáciou teoretických východísk z informáciami získavanými v praxi, pomáha prípadová štúdia preklenúť rozdiel medzi prevažne astraktnou teóriou a konkrétnou praxou tým, že umožňuje vedcovi pozorovať a porovnať tézy ponúkané teóriou s faktami z vlastného výskumu a prípadné zistené rozdiely ďalej skúmať.

Subjektivita
Medzi slabé stránky prípadovej štúdie Yin (2003) zaradil subjektivitu , ktorí sa môže prejaviť vo všetkých jej fázach, ale najmä pri realizácii, analýze a hodnotení faktov a a tiež pri prezentácii prípadovej štúdie ako celku a to preto, lebo tento prístup sa opiera o osobnú/individuálnu interpretáciu dát a tvorbu záverov. Výsledky získané v tomto výskumnom designe sú veľmi obtiažne testovateľné a preto by nemali byť generalizované. Subjektívnosť získaných výsledkov je posilňovaná tiež skutočnosťou, že tieto môžu byť ovplyvnené stereotypmi, či predsudkami výskumníka.

Ekonomická náročnosť
Prípadová štúdia sa zameriava na jedného alebo na niekoľko (málo) jednotlivcov, postupov, či organizácií pričom jej realizácia je náročná na čas. Efektivita výskumu je závislá od množstva času stráveného v priamom kontakte s predmetom výskumu. Získané poznatky sa nedajú generalizovať a následne aplikovať poznané postupy do každodennej praxe. V tomto kontexte sa prostriedky vynaložené na výskum zdajú ako neadekvátne k zisteniam, ktoré prípadová štúdia prináša. Merriam (1985) ponúka