Rozdiel medzi tradičnou medicínou a medicínou založenou na dôkaze môžeme definovať v štyroch základných oblastiach. V tradičnej medicíne sa najskôr problém odhalí, zhodnotí sa osobná skúsenosť s daným problémom, skúsenosť svojich kolegov prípadne expertov v danej oblasti a tieto skúsenosti sú porovnávané s údajmi z učebníc. Výsledný liečebný postup sa teda aplikuje v praxi. Na rozdiel od klasickej medicíny, medicína založená na dôkazoch najprv problém formuluje, následne vyberá kľúčové slová a spája údaje z literatúry a tieto závery aplikuje v praxi. EBM systematicky hodnotí dôkazy a vždy, ak je to možné, tieto dôkazy kvantifikuje a berie do úvahy pri každom rozhodovaní v oblasti zdravotníckej starostlivosti. Rozhodnutia o použití diagnostických, preventívnych a liečebných postupov však už realizuje samotný lekár.