Kaplan-Meierova krivka a log-rank test v programovom prostredí R
 
 
Step: Kaplan-Meierova krivka...
  Kaplan-Meierova krivka
Potom príkaz bude vyzerať nasledovne:
library(survival)

objekt=Surv(cas, pozorovana_udalost)
kmk=survfit(objekt~ premenna_porovnavania)

plot(kmk)


Vysvetlivky k príkazom

cas - sledovaný čas, ktorý nastal od začiatku pozorovania do pozorovanej udalosti
pozorovana_udalost
 - binárna premenná, výskyt pozorovanej udalosti (0- nenastala, 1- nastala)
premenna_porovnavania
 - kategorická premenná, medzi kategóriami ktorej uskutočňujeme porovnávanie prežívania
Príklad
Do výskumu bolo zahrnutých 500 pacientov s nádorom pľúc a v priebehu 1 000 dní bolo sledované ich prežívanie. Po ukončení výskumu chcel výskumník graficky zobraziť prežívanie sledovaných pacientov podľa pohlavia pomocou Kaplan-Meierovej krivky.
library(survival)

objekt = Surv(time,status)
kmk=survfit(objekt~sex)


plot(kmk, main="Prežívanie pacientov s nádorom pľúc podľa pohlavia", xlab="dni", ylab="pravdepodobnosť prežitia", conf.int=F, lty=c(1,2), col=c("orange","purple"))

legend(50,0.1, legend=c("muži","ženy"), col=c("orange","purple"),lty=c(1,2))

This page uses iframes, but your browser doesn't support them. Sorry!

 
 
Step: Log-rank test...
  Log-rank test
Potom príkaz bude vyzerať nasledovne:
library(survival)
survdiff(Surv(cas, pozorovana_udalost) ~ premenna_porovnavania, data=nazov_objektu)

Vysvetlivky k príkazom

cas - sledovaný čas, ktorý nastal od začiatku pozorovania do pozorovanej udalosti
pozorovana_udalost -
binárna premenná, výskyt pozorovanej udalosti (0- nenastala, 1- nastala)
premenna_porovnavania - kategorická premenná, medzi kategóriami ktorej uskutočňujeme porovnávanie prežívania
nazov_objektu
 - názov objektu/ databázy s údajmi
Príklad
Do výskumu bolo zahrnutých 500 pacientov s nádorom pľúc a v priebehu 1 000 dní bolo sledované ich prežívanie. Po ukončení výskumu chcel výskumník porovnať prežívanie sledovaných pacientov podľa pohlavia.
survdiff(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)

H0: Neexistuje štatisticky významný rozdiel v prežívaní pacientov s nádorom pľúc podľa pohlavia.
HA: Existuje štatisticky významný rozdiel v prežívaní pacientov s nádorom pľúc podľa pohlavia.

Výskumník zistil, že existuje štatisticky významný rozdiel v prežívaní pacientov s nádorom pľúc podľa pohlavia. Prijímame teda alternatívnu hypotézu (p< 0,05).