Štandardná výbava R-projektu má mnoho štatistických nástrojov, ktoré epidemiológovia využívajú, vrátane modelov ako , Poissonova regresia, Coxova regresia a ďalšie.

Pre špecifické potreby epidemiológov a analytikov zdravotníckych údajov bolo vytvorených aj niekoľko špecifických balíčkov ako sú Epi, epitools, epicalc, epiR. Napríklad príkazy z balíčka epitools je možné využiť na priamu štandardizáciu.